Ich würde trotzdem auf die Schlüsselbatterie tippen.
Vielleicht geht der Schlüssel in eine automatische Sparfunktion oder verliert den Kontakt zum Auto wegen verminderter Reichweite, wenn die Batterie schwächelt.
Und ja, im Reserveschlüssel ist die Batterie genauso alt. Und diese sendet auch ständig ein Signal.
Tausch doch einfach mal eine aus. Die kosten ja nicht die Welt. 
Das funktioniert nach dem manuellen Öffnen, weil der Schlüssel in der Nähe ist und sich wieder angelernt hat, so meine Vermutung.
Beide Schlüssel deshalb, weil die Batterien gleich alt sind und beide Schlüssel ständig den Kontakt zum Auto suchen.
Tausch doch einfach eine aus, die kosten doch nur ein paar Euro.
Ich hatte genau das bei meinem Mazda damals.
Evtl. ist die 12V Batterie doch etwas angefressen gewesen, werde das im Auge behalten (müssen)
Das kann natürlich auch ein Grund sein, hattest du aber ausgeschlossen.
Wenn die schwächelt, werden Körner gespart. Wo damit angefangen wird, ist mir leider nicht bekannt. 
Die 12v Batterie in unserem Grandland hat auch nur 3 1/2 Jahre gehalten. Und das bei gar nicht reiner Kurzstrecke...
Ist wohl leider gar nicht so unüblich
wieviele km?
